柱がめまぐるしく変わる場合、「テキスト変数」という機能を使います。
柱の数字、文言を自動的に表示、変更してくれます。
これが正しく表示されないときは、余計なテキスト変数がどこかに潜んでいるケースが多いです。
テキスト変数を定義された文字スタイルを検索し、削除すれば解決。
文字スタイルの検索は、
http://www.dtp-transit.jp/adobe/indesign/post_1414.html
を参照。
段抜きした見出しと本文が近過ぎるときは、
日本語と英数字の隙間が広すぎませんか?
正規表現スタイルで英数字のみ文字ツメを解除する
英語だけ、詰めを解除できます。
「正規表現スタイルで英数字のみ文字ツメを解除する」の記事は、正規表現スタイルの勉強にもなります。
とても参考になります。
二行取り見出しが変になる
添付した「44_2行取り見出し.indd」から見出しを読みこんで、見出しを適用するとどうなりますか?
見出しの読み込み方はこちらの記事です→